Alison Bechdel je odrasla u rimokatoličkoj obitelji, a oba roditelja su pridonijela njenom putu ka stripu. Majka joj je bila učiteljica i glumica, a otac, vojni veteran, predavao je engleski jezik u srednjoj školi, te je uz to vodio pogrebnu kuću. Na nju će se Bechdel i referirati u svojoj kasnijoj uspješnici, Fun Homeu. S devetnaest će godina roditeljima reći da je lezbijka, a teme njene seksualnosti i spolnog nekonformizma postat će nit vodilja u njenom daljnjem životu i radu. One će biti tim više naglašene, s obzirom da joj je otac bio nedeklarirani homoseksualac, te je i sama autorica opisivala njihov odnos kao „inverznu sličnost“. Nekoliko mjeseci nakon njene objave, otac joj pogiba u prometu, a Bechdel se seli na Manhattan. Prije toga je završila studij lijepih umjetnosti i povijesti umjetnosti na Oberlinu, a potom će početi raditi uredske poslove u izdavaštvu.

Bechdel počinje svoj poznati strip-serijal, Dykes to Watch Out For, sa samo jednim crtežom, a potom svoj rad šalje WomaNewsu, feminističkoj tiskovini koja će ga objaviti u lipnju 1983. godine. Godinu dana kasnije, počet će se objavljivati i drugdje, a izlazit će sve do 2008. Ovaj će strip imati ogroman značaj kao jedan od najranijih prikaza života lezbijki iz urbane sredine u popularnoj kulturi, a također će se u njemu prvi put upotrijebiti test koji će kasnije dobiti ime po njoj (Bechdel test, ili Bechdel-Wallace test). On je postao jedno od prihvaćenih pravila za mjerenje predstavljenosti žena u nekom djelu fikcije, a njime se želi privući pozornost na neravnopravnost spolova i u ovoj sferi. Bechdel će u ovom razdoblju stvarati i autobiografske stripove, te će se baviti ilustracijom. Uspjeh stripa Dykes to Watch Out For će joj 1990. godine omogućiti da napusti svoj dotadašnji posao i potpuno se posveti stripu.

2006. godine Bechdel će objaviti strip-memoar Fun Home, a koji je stvarala sedam godina. U njemu opisuje svoje odrastanje u ruralnoj Pennsylvaniji i složen odnos koji je imala sa svojim ocem, a teme koje obrađuje su između ostalih i teme spolne orijentacije, spolnih uloga, samoubojstva, psihološkog zloostavljanja, disfunkcionalne obiteljske zajednice, ali govori i ulozi književnosti u procesu shvaćanja i spoznavanje sebe i svoje obitelji. Fun Home je postigao ogroman uspjeh i kod publike i kritike, te je osvojio niz nagrada u Americi i svijetu. Izdvajaju se nagrade Eisner, Harvey i Inkpot, a mnogi je časopisi i poznati web-portali proglašavaju knjigom godine. Kasnija će adaptacija Fun Homea Lise Kron u istoimeni mjuzikl ponoviti prethodni uspjeh crtanog romana, te pobrati 5 nagrada Tony 2015. godine, uključujući i onu za najbolji mjuzikl. 2012. godine Bechdel objavljuje Are You My Mother?, još jedan strip-memoar, ali koji se ovaj put usredotočuje na autoričin odnos s njenom majkom.

Alison Bechdel danas živi i radi u Boltonu (Vermont), gdje surađuje s tjednikom alternativnog usmjerenja Seven Days. U siječnju 2020. godine je objavljeno da je Nine Stories Productions Jakea Gyllenhaala otkupila prava na adaptaciju mjuzikla Fun Home u dugometražni film, dok će sam Gyllenhaal glumiti Alisoninog oca, Brucea.