Enki Bilal je rođen kao Enes Bilalović, a Enki mu je bio nadimak od milja. Majka Ana mu je bila porijeklom Čehinja, a otac Bosanac, koji je, kao zanimljiv detalj, bio Titov krojač. Pet godina nakon Enkijevog rođenja, otac traži i dobiva politički azil u Francuskoj,  a Enki, s majkom i sestrom Enisom, mu se pridružuje četiri godine kasnije.

Bilal već sa 14 godina upoznaje poznatog urednika i autora stripa, Renea Goscinnyija, koji ga ohrabruje da svoje vještine usmjeri ka stripu. Za njegov francusko-belgijski časopis, Pilote, Bilal počinje raditi u 1970-ima, gdje mu je i objavljena prva priča, Le Bol Maudit, 1972. godine. Tri godine kasnije, Bilal upoznaje strip-scenarista Pierrea Christina (imeđu ostalog, scenarist Valeriana), s kojim stvara više stripova tamnije i surealne tematike. Poznatiji stripovi iz te suradnje uključuju i Legendes d'Aujourd'hui, La Croisiere des Oublies i Partie de Chasse, a vrijedi i naglasiti da su u njima spajali klasične strip-elemente s fotografijom.

1980. godine započinje svoju poznatu i nagrađivanu Nikopol trilogiju, koja se sastoji od tri naslova pisanih cijelo jedno desetljeće (La Foire aux immortels, La Femme piege i Froid Equateur). Časopis Lire će zadnji album iz te trilogije, Froid Equatuer, proglasiti 1993. najboljom knjigom te godine u svim žanrovima, kao prvi strip koji će to postići. Zanimljivo je da se u tom zadnjem albumu pojavljuje chessboxing (ili, u slobodnom prijevodu, šahoboks), odnosno prikaz prvenstva u tom sportu. Kasnije će se ta ideja pretvoriti u pravi sport, a Enki Bilal se tako smatra idejnim začetnikom istog. Njegova kasnija Hatzfeld tetralogija (započeta 1998.) prati troje sarajevske siročadi u tad dalekoj 2026. godini, u kojoj se (opet) rasplamsava vjerski fanatizam i terorizam, a tema raspada Jugoslavije se sagledava iz futurističke perspektive.

Uz svoj rad u stripu, treba spomenuti i njegov rad u filmu.  Izdvajaju se tri filma – Bunker Palace Hotel (1989.), Tykho Moon (1996.) i Immortal (2004.). Immortal je bio jedan od prvih velikih filmova (uz Gospodara neba i svijet sutrašnjice) koji je u potpunosti koristio digitalnu pozadinu (za svaku scenu u filmu), dok su glumci isključivo snimani ispred plavih i zelenih pozadina. Također je to prva Bilalova adaptacija vlastitog stripa (Nikopola). Iako su kritike bile podijeljene, film odlikuje fantastično okružje i vjernost prikaza izvornom predlošku.

Bilal je za svoje zasluge primio i više viteških naslova – Ordre des Arts et des Lettres u 2003., te Ordre National du Merite u 2010. Uz više nominacija i nagrada za rad u stripu i filmu, zanimljivo je da 2006. godine njegov rad biva priznat na malo drugačiji način – naime, od tada i jedan asteroid nosi njegovo ime.