Frederik Peeters se počinje baviti dizajnom plakata i ilustracijom u oglašavanju nakon studija vizualnih komunikacija, ali taj mu je posao izrazito loše legao, te tako daje otkaz i zapošljava se kao nosač prtljage u zračnoj luci. Ipak, naveče poslije posla crta stripove, koji se od 1992. godine počinju pojavljivati u časopisima. Prvi objavljeni album se pojavljuje pet godina kasnije – Fromage et Confiture, odnosno Brendon Bellard godinu dana poslije. Nakon njih, Peetersov rad se može naći u sve više časopisa, uključujući i najpoznatije poput Lapina i Spiroua, a njegov će se doprinos naći i u antologiji Comix 2000.

Prvi veliki uspjeh dolazi s autobiografskim stripom Plave pilule objavljen 2001. godine, a na kojem je radio od svoje 25 godine. Ova jaka i emotivna priča prati razvoj njegove veze s budućom partnericom Cati, ali na početku njihove veze, ona mu objašnjava kako su i ona i njen sin HIV-pozitivni. Kroz strip pratimo jačanje njihove veze, ali i sve sumnje, strahove, izazove, no i radosti njihovog nesakrivenog života u jednostavnoj crno-bijeloj tehnici. Iskrenost Pilula proistječe iz Peetersovog uvjerenja (prije no što je strip izdan) kako će strip biti eventualno pročitan od relativno malog broja ljudi, te tako, čitajući, često prisustvujemo njihovoj sirovoj stvarnosti. Uspjeh ovog stripa je potpuno iznenadio Peetersa, a osim više prestižnih nagrada u 2001. i 2002. godini, strip je naišao na veliki odaziv među čitalačkom publikom, kako u Europi, tako i šire. Između ostalog, Jean-Phillipe Amar 2014. godine snima i dugometražni film po ovom predlošku, a prvi put se mogao pogledati na kanalu ARTE.

Nakon velikog uspjeha ovog stripa, Peeters se potpuno okreće stripu, a prvi veliki projekt mu je fantastični serijal Koma, na kojemu radi između 2003. i 2010. godine s Pierreom Wazemom. To je ujedno i njegov prvi uradak u koloru, a objavit će ga Les Humanoides Associes. Atrabile će u ovom razdoblju paralelno izdavati i Peetersov samostalni SF serijal Lupus, a izdat će i album Ruminations. 2009. godine mu izlazi crtani roman Pachyderme u Gallimardovom izdanju, a predgovor ovom stripu napisat će veliki Jean Giraud – Moebius. Godinu prije završava diptih RG, a godinu poslije bajkoviti Chateau de sable. Od 2011. do 2014. godine radi na još jednom solo-projektu, SF-serijalu Aama. Godinu nakon završetka istog, Peeters će objaviti western Miris gladnih dječaka sa scenaristom Phangom, dok će sa Sergeom Lehmanom 2018. godine objaviti Mrlju.