Juanjo Guarnido će provesti veći dio svog djetinjstva crtajući u selu Salobrena, na obalama Mediterana, a tek kasnije se obitelj seli u Granadu. Ovdje će mladi Guarnido nastaviti crtati, gdje će na sveučilištu u Granadi studirati slikarstvo i steći diplomu iz likovnih umjetnosti. Također će sudjelovati u radu više fanzina, te objaviti veliki broj ilustracija u Comics Forumu za španjolsko izdanje Marvela. Ovime će steći poveću čitalačku publiku, ali relativno malo lokalno tržište potaći će ga na put u Madrid, gdje će za animacijski studio Lapiz Azul tri godine raditi na televizijskim serijalima, a ovdje upoznaje i budućeg suradnika i scenarista, Juan Diaza Canalesa. 1993. godine, Guarnido se odlučuje prijaviti za posao u francuskoj podružnici Walt Disney Studios, te se potom seli u Pariz, a za Disney će raditi na više uspješnica, poput animiranih filmova Tarzan, Hercules i Atlantis: The Lost Empire.

Nakon odlaska iz Disneyja, Guarnido se ponovno nalazi s Canalesom, te nakon duže potrage za voljnim izdavačima, ovaj će dvojac potpisati ugovor s francuskim Dargaudom i početi rad na svojoj prvoj uspješnici, serijalu Blacksad. Prvi album u serijalu, Quelque part entre les ombres, bit će objavljen u studenom 2000. godine, a postići će veliki tržišni uspjeh, te osim naklonosti čitatelja, osvojit će i više nagrada u Francuskoj i Švicarskoj. U ožujku 2003. godine izaći će i drugi album u nizu, Arctic-Nation, koji će polučiti još veći uspjeh, te osvojiti nagradu publike i nagradu za najbolji slikovni izričaj u Angoulemeu 2004. godine. Već godinu poslije izlazi i treći nastavak, Ame Rouge, a ovaj će 2006. godine u Angoulemeu primiti i nagradu za najbolji serijal, a za završeni će serijal Guarnido dobiti i prestižnu američku nagradu Eisner.

Nakon odlične dekade u stripu, 2009. godine Guarnido počinje suradnju s još jednim odličnim scenaristom, Alainom Ayrolesom, koji je u tom trenutku iza sebe već imao više iznimno popularnih serijala, poput Garulfa i Plašta i očnjaka, te će zajedno stvoriti i objaviti humoristični album Podmukle Indije, predstavljen kao nastavak pikarskog romana El Buscon Francisca de Queveda.